С началом Карабахской войны Альберт Агарунов отправился добровольцем на фронт, чтобы воевать за родную землю. В ходе боевых действий им было уничтожено значительное количество живой силы и бронетехники противника. Назначенный командиром танка, Агарунов был направлен в Шушу.